神秘组织被成功摧毁，城市逐渐恢复往日的繁荣与安宁。然而，柯南等人的生活却并未因此而完全平静。
一天，柯南在学校里收到了一封匿名信。信中的内容让他心头一紧，信上写道：“神秘组织并未完全消失，仍有残余势力在暗中活动。”
柯南将信拿给林羽、灰原哀、毛利兰和毛利小五郎看，大家的脸色都变得严肃起来。
“难道我们之前的努力还不够？”毛利兰担忧地说道。
林羽沉思片刻后说：“也许是有一些漏网之鱼，我们不能掉以轻心。”
毛利小五郎握紧拳头：“不管怎样，我们都要把他们彻底揪出来。”
于是，柯南等人再次展开了调查。他们在城市的各个角落寻找着神秘组织残余势力的踪迹。
在调查的过程中，柯南发现一些奇怪的现象。一些原本正常的商业交易突然出现异常，资金流向不明；一些重要的科研成果也莫名失踪。
“这背后肯定有猫腻。”柯南说道。
灰原哀分析道：“可能是神秘组织的残余势力在试图重新崛起，通过这些手段获取资金和资源。”
他们顺着这些线索深入追查，发现了一个隐藏在城市边缘的废弃工厂。
“这个工厂看起来很可疑，我们要小心行事。”柯南提醒大家。
他们悄悄地潜入工厂，里面弥漫着一股刺鼻的化学气味。
“这里好像在进行着什么非法的实验。”林羽说道。
就在这时，一群穿着防护服的人出现了，他们手持武器，充满敌意。
“你们是谁？竟敢闯入这里！”其中一人喊道。
“我们是来揭露你们的罪行的！”柯南勇敢地说道。
双方展开了激烈的对抗。毛利小五郎展现出他的格斗技巧，与敌人近身搏斗；毛利兰则灵活地躲避着攻击，寻找机会反击；林羽利用他的黑客技术，干扰敌人的通讯设备；灰原哀则在一旁协助，为大家提供支援。
在战斗中，柯南发现了一个实验室，里面有一些关于神秘组织的文件和实验数据。
“这些东西很重要，我们必须拿到手。”柯南说道。
然而，敌人也意识到了这些文件的重要性，拼命阻止他们。
“绝对不能让他们得逞！”敌人的头目喊道。
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